La Orden 66

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La Orden 66 se hallaba en un documento titulado Órdenes de Contingencia del Gran Ejército de la República: Iniciación de Orden, Órdenes 1 hasta 150, Documento GER CO(CL) 56-95, el cual contenía una serie de órdenes especiales de contingencia para todas las posibles situaciones de emergencia y que los soldados clones fueron preparados en secreto para ejecutar de inmediato y sin cuestionamiento. El texto de la Órden declaraba:

Orden 66: En la eventualidad de que los oficiales Jedi actúen en contra de los intereses de la República, y luego de recibir órdenes específicas verificadas como provenientes directamente del Comandante Supremo (Canciller), los comandantes del GER removeran a dichos oficiales con fuerza letal, y el comando del GER recaerá sobre el Comandante Supremo (Canciller) hasta que una nueva estructura de mando sea establecida.

El año 19 ABY, en el final de las Guerras Clon, la Orden 66 fue transmitida por Darth Sidious. La razón oficial para su aplicación fue el intento de los Jedi de llevar a cabo un golpe de estado contra la República. En realidad, la Orden fue la culminación de una serie de eventos orquestados a lo largo de décadas por el mismo Palpatine, todos diseñados para exterminar a los Jedi y establecer el dominio de los Sith. Días antes de la ejecución de la Orden, el Senado aprobó la Ley de Seguridad, la cual otorgaba al Supremo Canciller la autoridad para abolir la Orden Jedi.

Después de la eliminación del General Grievous a manos del Alto General Jedi Obi-Wan Kenobi, los Maestros Mace Windu, Kit Fisto, Agen Kolar y Saesee Tiin, fueron a la Oficina del Canciller Supremo, con la intención de arrestar a Palpatine, quien acababa de ser expuesto como el elusivo Lord Sith Darth Sidious por Anakin Skywalker. Palpatine sacó su sable color carmesí y se les enfrentó. Kolar, Tiin y Fisto fueron asesinados rápidamente por Palpatine, pero Windu fue capaz de enfrentársele y luego desarmarlo. Skywalker apareció para ver a Windu frente a un Palpatine derrotado y pidiendo clemencia. Ante la negativa de Windu de perdonar la vida del Maestro Sith, a quien el Maestro Jedi consideraba demasiado peligroso, Skywalker atacó a Windu cortándole la mano, dándole a Palpatine la oportunidad para asesinarlo. Las acciones de los Jedi le dieron al Lord Sith la excusa perfecta para ejecutar la Orden 66.

Palpatine realizó una transmisión desde su oficina, ordenando a cada uno de los Comandantes Clones la inmediata ejecución de la Orden 66. Las reacciones de los comandantes fueron diversas, pero al tratarse de una Orden proveniente del Alto Mando, virtualmente todos los comandantes cumplieron la instrucción sin cuestionamientos o dudas. A lo largo de incontables mundos y campos de batalla, los Jedi fueron acorralados y ejecutados con facilidad. Tres años de guerra ininterrumpida contaminó a la Fuerza con el lado oscuro, nublando la percepción de los Jedi, quienes fueron incapaces de presentir los ataques provenientes ya que los clones no tenían odio o malicia contra ellos; simplemente estaban siguiendo un mandato legal.

Aunque fue imposible para Palpatine transmitir la Orden personalmente a cada Comandante Clon, el Lord Sith se tomó el tiempo para contactar personalmente a varios Comandantes, antes de que la Orden fuera transmitida a la totalidad del Ejército. A pocos minutos de la activación de la Orden, varios miembros del Alto Consejo Jedi habían sido asesinados, Plo Koon en Cato Neimoidia a manos del Capitán Jag, Stass Allie en Saleucami a manos del Comandante Neyo, y Ki-Adi-Mundi en Mygeeto a mandos del Comandante Bacara. En Utapau, Obi-Wan Kenobi montaba una varactyl llamada Boga cuando el Comandante Cody ejecutó la Orden, ordenando a un AT-TE a disparar a Kenobi. Sin embargo, Kenobi logró sobrevivir y escapar del planeta. Pronto se reunió con el Gran Maestro Yoda, quien logró sobrevivir al intento de ejecución por parte del Comandante Gree para luego escapar de Kashyyyk.

Sin embargo, no todos los soldados clones obedecieron la Orden. En Murkhana, Roan Shryne y Olee Starstone fueron rescatados por un miembro del Equipo Ion, Trepador, quienes inicialmente cuestinó la validez de la Orden, e incluso luego de la confirmación, se negaron a tomar el lado del gobierno por encima de aquellos que habían luchado a su lado. Ante su desobediencia, la unidad fue duramente castigada. Sin embargo, a la fecha esta es la única evidencia de desobediencia de la Orden. Los soldados desobedientes fueron en su mayoría Comandos de Reconocimiento Avanzado.

Darth Vader lideró un grupo de clones destinados a "operaciones especiales", también conocido como la Legión 501.

Los clones usaron la táctica de rodear y disparar, debido a que sabían que los Jedi no podían reflejar los disparos realizados desde todos los ángulos.

Entre las muertes destacables de esta Operación, estaba la del Guardián Jedi Jurokk, Whie Malreaux, Bene, Serra Keto, Cin Drallig, Zett Jukassa, la bibliotecaria Jedi Jocasta Nu y los miembros del Clan del Oso (los niños adiestrados por Yoda, y el futuro de la Orden Jedi, que se escondieron en las Cámaras del Concilio).

Es sabido que al menos un grupo de clones comando no siguió la Orden 66. El Comando de la República conocido como Escuadrón Delta, una legión extremadamente eficiente en las Guerras Clon, mantuvo estrecha relación con el Gran Maestro Jedi Yoda en el momento de la ejecución de la Orden